我校始建于1872年。初为慕贞书院，后称北京慕贞女中，是中国最早的教会女中之一。与汇文、育英、贝满并称京城四大教会名校。1952年更名为北京女十三中，1972年更名为北京市第一二五中学。现有20个教学班，是一所完全中学。

慕贞女中名师荟萃，设备齐全，以优异的教学质量和优良的校风二驰名京城乃至全国。培养出了以工程院士胡亚美为代表的一批妇女英才。慕贞女中的热血青年曾参加五四、抗暴、反饥饿等爱国运动。为北京学生运动史和我校历史写下了光荣的一页。

市女十三中，是教育部确定的首批全国重点中学之一。从五十年代起，接受过近百名归国华侨及越南、马来西亚等外籍学生入校。女十三中不仅有先进的教学设施，雄厚的师资力量，而且因德智体美全面发展的办学特色享有盛誉。毕业生中人才辈出。如我国第一台大型电子计算机研制组组长王力;海洋地理学家王颖;与袁隆平同获亚洲诺贝尔奖的北京外国语大学教授吴青;东方航空公司第一位女机长李燕生;为新华社记者曹荣飞成果实施复明手术的眼外科专家黎树明;中央统战部副部长刘延东等，都曾就读于女十三中。

改革开放给我校再次带来了无限的发展机遇。我们引资改造抓硬件建设，我们更新观念抓干部教师队伍的软件建设，我们遵循着尊重个性，挖掘潜力，一切为了学生的成长，一切为了祖国需要的办学思想，与时俱进，全面提高着学校对素质教育水平，办学质量得到广泛好评。为上海复旦大学、北京理工大学、北京外国语大学等高等院校输送大批优秀学子。

2010年7月1日，国务院批复：以原东城区、崇文区的行政区域为东城区的行政区域。我校位于崇文门内大街，是原东城区最南端的窗口校，现在随着行政区域的变化，我校成为了新东城核心区域的学校。这给学校的发展带来了新的机遇。我们这所百年老校经过近一个半世纪的风雨历程，积淀了深厚的文化底蕴，形成了自己的学校文化特色。近年，学校提出一主、两翼、三提升的学校文化建设思路，即以悦心、健体、笃学、力行为文化建设主线;以教师文化与学生文化为两翼;不断提升学校的管理智慧、提升教师的教育智慧、提升学生的生命智慧，从而实现科学发展、特色发展的目标。悦心文化，传承着学校百年的文明，在新形势下又被赋予了时代的特色，创造着和谐厚重的学校底蕴，为学校的发展注入了不竭的精神动力，激励着广大师生不断创造着自己的成功，谱写着学校发展的新篇章。