1951年12月的一天，图灵遇到了一个叫做阿诺德·莫瑞(Arnold Murray)的年轻男子。他19岁，是个无业游民，基本靠父母维持生计。图灵问他要去哪里，他说不知道，于是图灵请他到对面的餐馆共进午餐。阿诺德举止文雅，长着一双漂亮的蓝眼睛，长期营养不良导致头发稀疏。他想要过上更好的生活，而且很容易接受新思想，于是就这样走进了图灵的生命。
他们只在一起生活了很短的时期。第二年1月，图灵就发现钱包里的钱少了，莫瑞说他没拿，图灵相信了。1月23日，图灵回家发现家中失窃，虽然只丢了一些零碎的杂物，但这让他非常震惊、沮丧和愤怒，于是他报了警。图灵认为此事和莫瑞有关，莫瑞否认，说他曾和一个叫做哈里(Harry)的人提过图灵，哈里曾怂恿他“干一票大的”。
于是他们又和好了。夜里图灵起床，把带有莫瑞指纹的杯子保存下来，准备送去警察局和窃贼留下的指纹做对比。哈里因为还受到另一项指控已经被逮捕，他做了一份陈述，其中包括莫瑞转述的他在图灵家里做的“事”。面对警察的盘问，图灵很快就招供了，并详细地列举了三件事，而且细节非常具体。随后，他又主动提供5页手写的陈述报告，让警察大跌眼镜。通常情况下，警察都要把陈述者的语言翻译成专业语言，这次他们省事了，这份陈述报告写得就像散文一样流畅。与此同时，他们也被图灵的不知羞耻所震撼。“他是一个真正的异端……他真的相信他的行为无罪。”
图灵向警察指出，皇家委员会理应“将它(同性恋)合法化”。但是他错了，而且他低估了这种陈词的可怕性。
从1533年开始，英国法律规定鸡奸罪是死罪。直到1828年，鸡奸罪在英国才被放宽为需入狱服刑的重罪。更要到图灵死后13年，也就是1967年，发生在成人间的、双方同意的同性性行为，在英国才不再是犯罪。
很快，他被指控为“严重猥亵罪”，刑期两年。1895，奥斯卡·王尔德因为鸡奸罪被关进监狱，王尔德说这是“不敢言说的爱”，图灵终于看到这个问题有多残忍。法官考虑到图灵的研究工作对社会的贡献，判决他无需入狱服刑，条件是接受治疗，定期注射雌性荷尔蒙，也就是所谓的“化学阉割”。他因此要被割包皮，文章也要受到各种审查。
图灵平静地接受了法官的裁决以及“治疗”。有一次他和朋友说他的胸部变大了。朋友告诉他挪威有一种“仅限男人”参加的舞会，于是1952年夏天图灵前往挪威度假。他很失望，根本就没有发现那种舞会，但是他压根儿也没打算改变自己。
1952年10月，图灵告诉一个朋友一件事，这事只有一个人知道，他也只是粗略地说了一下。战后，他仍然承担着政府的秘密情报工作，但是现在这份工作做不下去了，这个圈子容不得同性恋。对图灵来说，这肯定是一次精神打击，不过相比于1952年他遭受的其他打击来说，这又算不得什么。这对于政府密码学校来说是件断腕之痛的事，但是他们别无选择，因为当时军情五处的权力迅速扩张，他们对这件事有不同的看法，他们认为自己更清楚什么叫做“安全”，所以图灵的生活因此而改变了。
1953年底，图灵的缓刑期和激素治疗结束，曼彻斯特大学和他续签了5年合同，他的生活渐渐恢复了正常。
然而短短半年之后，悲剧毫无征兆地突然发生了。1954年6月8日早晨，图灵的女仆发现图灵死在床上，口吐白沫，床头的小桌上放着一个咬过几口的苹果，房间里还有一个装满了氰化钾的果酱罐子。法医检验的结论是，图灵死于氰化物中毒，是自杀，但是他们并没有化验这个苹果是否有毒。
图灵的死震惊了所有认识他的人，这件事就像一团迷雾，没有任何暗示、预兆和解释，似乎是一次无由来的自我了断。对于这两年和他相处的人们来说，他的死和两年前的审判没有关联，他们看到的图灵完全没有表现出颓废、恐惧和绝望。他们无法相信他的死，他不是个会自杀的人。但是他们或许忘了，自杀和软弱并没有直接的关系，正如图灵1941年引用王尔德的话：“勇者挥出锋利的剑。”
图灵的母亲无法接受自杀的说法，她认为图灵之死是一个意外。她想起曾经有一次，图灵躺在他的小床上，旁边的一个电解实验已经沸腾了很久，他却不加小心。她觉得图灵只是手上沾了氰化物，然后不小心吃到嘴里，因为他有吮手指的习惯。
也有一些人说他们曾经注意到图灵的自杀倾向。他们说图灵曾在1954年2月的时候修改他的遗嘱，后来又到海边一个度假胜地找一个算命师，回来之后神情恍惚。
还有人指出，图灵之死可能和他在“二战”期间及战后参与密码破译工作，之后又被发现是同性恋者有关。他参与的密码破译工作，在上世纪50年代初仍是保密级别最高的机密。图灵死前几个月，剑桥发现了两个苏联间谍，其中一个是同性恋者。50年代初，美国的麦卡锡主义大肆宣扬，必须将共产主义者和同性恋者从“敏感部门”彻底驱逐出去，图灵当时的处境是可想而知的。但图灵之死和这些事实到底是否有联系，甚至图灵是否是被有关方面出于安全考虑谋杀，至今没有任何证据。
安德鲁·霍奇斯评价图灵：“对图灵这个人，从本质上来说，真正的难题并不是他的同性恋身份，而是他的那种神秘感，那种无法控制的未知感。”对于他的死是否自杀，法官宣称：“我只能得出这样的结论。对于他这样的人，根本无法预料下一步会做什么。”当年在战争的特殊局势下，人们不得不容忍他的特殊性，哪怕是最傲慢的人也要对这位“解谜”大师礼让三分。“但是在1954年，情况不同了，他始终处于被怀疑的状态，于是成了一个多余的人。一切不完全纯洁的东西，都会被视为潜在的邪恶。”
他的朋友在他死后不久写道：“他总是感到很孤独，因为他的兴趣不在人，而在事物和思想。但同时他却渴望人的认同和陪伴，这种渴望非常强烈。”
图灵死后30年，“二战”期间布莱奇利庄园发生的一切才被公之于众，人们才开始了解图灵为扭转“二战”大西洋和太平洋战场战局，以及为挽救整个西方文明所做的贡献。世界各地的人们开始用各种方式纪念这位天才的科学家。《普林斯顿校友周刊》将图灵列在普林斯顿大学杰出校友榜第二位，排名仅次于被称为“美国宪法之父”的美国第四任总统詹姆斯·麦迪逊。世界上有超过20所大学拥有以图灵命名的实验室或礼堂等建筑，包括斯坦福这样的世界名校。
安德鲁·霍奇斯在《谜一样的艾伦·图灵》中说：“图灵从来都没有打算成为现代世界的焦点，这对他来说完全是个麻烦……奥威尔在小说《1984》中，体现了一些关于科学和智能的想法，他与图灵的想法很相似，图灵对这本书印象深刻。但是奥威尔为不知道布莱切利庄园，这是一个现实版的‘真理部’，他也不知道，发明计算机的那个人并不关心计算机克隆了谁的智能，以及为了什么。但是他们却有潜在的联系：在他们的头颅中，都有那么几立方厘米是真正属于自己，而且要不惜一切代价，抵御外部世界的入侵。”